patient_leakage_detection/results/simple_patient_manifest.csv at master

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T

rpotter6298 8a136c71fe Add scripts for patient classification and visualization

- Created `classification.py` for comparing image-level and patient-level classification results using various CNN models.
- Implemented `create_patient_groups.py` to extract features, generate PCA/t-SNE plots, and identify patient groups via K-means clustering.
- Added `figure6.py` to generate boxplots for test accuracy across multiple seeds.
- Developed `simple_patient_tsne.py` to perform t-SNE visualization of patient groups and save results in a manifest file.
- Introduced `simple_patient_manifest.csv` to store patient IDs, classes, image counts, and associated images.

2026-06-29 14:30:16 +02:00

8.9 KiB

Raw Permalink Blame History

1	patient_id	class	n_images	images
2	Benign_00	Benign	13	B_021;B_022;B_023;B_024;B_025;B_035;B_066;B_067;B_074;B_075;B_086;B_087;B_088
3	Benign_01	Benign	16	B_014;B_015;B_016;B_017;B_018;B_019;B_020;B_036;B_037;B_038;B_039;B_040;B_041;B_089;B_090;B_091
4	Benign_02	Benign	9	B_070;B_071;B_072;B_073;B_081;B_082;B_083;B_084;B_085
5	Benign_03	Benign	10	B_101;B_102;B_103;B_104;B_105;B_106;B_107;B_108;B_109;B_110
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10	Benign_08	Benign	7	B_032;B_033;B_034;B_117;B_118;B_119;B_120
11	Benign_09	Benign	7	B_068;B_069;B_076;B_077;B_078;B_079;B_080
12	Benign_10	Benign	7	B_006;B_007;B_008;B_056;B_057;B_058;B_059
13	Benign_11	Benign	10	B_009;B_010;B_011;B_012;B_013;B_053;B_054;B_055;B_092;B_093
14	Benign_12	Benign	5	B_047;B_048;B_049;B_050;B_051
15	Benign_13	Benign	4	B_004;B_005;B_046;B_052
16	Benign_14	Benign	7	B_094;B_095;B_096;B_097;B_098;B_099;B_100
17	Malignant_00	Malignant	22	M_157;M_158;M_159;M_160;M_161;M_162;M_163;M_164;M_165;M_166;M_170;M_171;M_259;M_260;M_261;M_264;M_265;M_352;M_353;M_354;M_355;M_359
18	Malignant_01	Malignant	14	M_367;M_368;M_369;M_370;M_371;M_372;M_373;M_374;M_375;M_376;M_377;M_378;M_379;M_380
19	Malignant_02	Malignant	11	M_248;M_249;M_250;M_251;M_252;M_253;M_254;M_255;M_256;M_257;M_258
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21	Malignant_04	Malignant	8	M_192;M_193;M_194;M_195;M_196;M_197;M_198;M_199
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24	Malignant_07	Malignant	11	M_483;M_484;M_485;M_486;M_487;M_488;M_489;M_490;M_491;M_492;M_493
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26	Malignant_09	Malignant	15	M_019;M_020;M_021;M_022;M_023;M_024;M_025;M_026;M_027;M_028;M_086;M_087;M_088;M_538;M_542
27	Malignant_10	Malignant	18	M_030;M_037;M_038;M_039;M_040;M_041;M_042;M_043;M_387;M_388;M_389;M_390;M_391;M_392;M_393;M_512;M_513;M_514
28	Malignant_11	Malignant	25	M_001;M_017;M_018;M_539;M_540;M_541;M_543;M_544;M_545;M_546;M_547;M_548;M_549;M_550;M_551;M_552;M_553;M_554;M_555;M_556;M_557;M_558;M_559;M_560;M_561
29	Malignant_12	Malignant	8	M_079;M_080;M_081;M_082;M_323;M_324;M_325;M_507
30	Malignant_13	Malignant	12	M_288;M_289;M_290;M_291;M_292;M_293;M_294;M_295;M_296;M_297;M_298;M_299
31	Malignant_14	Malignant	19	M_209;M_210;M_211;M_212;M_213;M_214;M_215;M_216;M_217;M_218;M_219;M_220;M_221;M_222;M_223;M_224;M_225;M_226;M_227
32	Malignant_15	Malignant	21	M_394;M_395;M_396;M_397;M_398;M_399;M_400;M_401;M_402;M_403;M_404;M_405;M_406;M_407;M_408;M_409;M_410;M_411;M_412;M_413;M_414
33	Malignant_16	Malignant	32	M_008;M_009;M_015;M_053;M_054;M_055;M_056;M_057;M_058;M_151;M_152;M_153;M_154;M_155;M_156;M_269;M_270;M_271;M_272;M_273;M_274;M_275;M_276;M_277;M_278;M_279;M_284;M_285;M_286;M_287;M_365;M_366
34	Malignant_17	Malignant	5	M_016;M_523;M_524;M_525;M_526
35	Malignant_18	Malignant	13	M_446;M_447;M_448;M_449;M_450;M_451;M_452;M_453;M_454;M_455;M_456;M_457;M_458
36	Malignant_19	Malignant	6	M_440;M_441;M_442;M_443;M_444;M_445
37	Malignant_20	Malignant	26	M_280;M_282;M_283;M_300;M_301;M_302;M_303;M_304;M_305;M_306;M_307;M_308;M_309;M_310;M_311;M_312;M_313;M_314;M_315;M_316;M_317;M_318;M_319;M_320;M_321;M_322
38	Malignant_21	Malignant	13	M_110;M_111;M_112;M_113;M_114;M_115;M_116;M_117;M_118;M_119;M_120;M_121;M_137
39	Malignant_22	Malignant	8	M_240;M_241;M_242;M_243;M_244;M_245;M_246;M_247
40	Malignant_23	Malignant	12	M_180;M_181;M_182;M_183;M_184;M_185;M_186;M_187;M_188;M_189;M_190;M_191
41	Malignant_24	Malignant	21	M_089;M_090;M_091;M_092;M_093;M_094;M_095;M_096;M_097;M_098;M_099;M_100;M_101;M_102;M_103;M_104;M_105;M_106;M_107;M_108;M_109
42	Malignant_25	Malignant	15	M_122;M_123;M_124;M_125;M_126;M_127;M_128;M_129;M_130;M_131;M_132;M_133;M_134;M_135;M_136
43	Malignant_26	Malignant	12	M_508;M_509;M_510;M_511;M_515;M_516;M_517;M_518;M_519;M_520;M_521;M_522
44	Malignant_27	Malignant	9	M_044;M_045;M_046;M_047;M_048;M_049;M_050;M_051;M_052
45	Malignant_28	Malignant	13	M_427;M_428;M_429;M_430;M_431;M_432;M_433;M_434;M_435;M_436;M_437;M_438;M_439
46	Malignant_29	Malignant	8	M_459;M_460;M_461;M_462;M_463;M_464;M_465;M_466
47	Malignant_30	Malignant	16	M_167;M_168;M_169;M_172;M_173;M_174;M_175;M_176;M_177;M_178;M_179;M_262;M_263;M_266;M_267;M_268
48	Malignant_31	Malignant	9	M_200;M_201;M_202;M_203;M_204;M_205;M_206;M_207;M_208
49	Malignant_32	Malignant	17	M_031;M_032;M_033;M_034;M_035;M_415;M_416;M_417;M_418;M_419;M_420;M_421;M_422;M_423;M_424;M_425;M_426
50	Malignant_33	Malignant	7	M_381;M_382;M_383;M_384;M_385;M_386;M_527
51	Malignant_34	Malignant	10	M_528;M_529;M_530;M_531;M_532;M_533;M_534;M_535;M_536;M_537
52	Malignant_35	Malignant	16	M_467;M_468;M_469;M_470;M_471;M_472;M_473;M_474;M_475;M_476;M_477;M_478;M_479;M_480;M_481;M_482
53	Malignant_36	Malignant	16	M_083;M_084;M_085;M_494;M_495;M_496;M_497;M_498;M_499;M_500;M_501;M_502;M_503;M_504;M_505;M_506
54	Malignant_37	Malignant	6	M_234;M_235;M_236;M_237;M_238;M_239
55	Malignant_38	Malignant	15	M_333;M_334;M_335;M_336;M_337;M_338;M_339;M_340;M_345;M_346;M_347;M_348;M_349;M_350;M_351
56	Malignant_39	Malignant	19	M_010;M_011;M_012;M_013;M_014;M_138;M_139;M_140;M_141;M_142;M_143;M_144;M_145;M_146;M_147;M_148;M_149;M_150;M_281
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58	Normal_01	Normal	6	N_132;N_133;N_134;N_400;N_401;N_414
59	Normal_02	Normal	4	N_317;N_318;N_322;N_323
60	Normal_03	Normal	19	N_358;N_359;N_360;N_361;N_362;N_363;N_364;N_365;N_366;N_367;N_368;N_369;N_370;N_371;N_372;N_373;N_406;N_407;N_408
61	Normal_04	Normal	8	N_324;N_328;N_329;N_330;N_331;N_333;N_335;N_411
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67	Normal_10	Normal	17	N_131;N_144;N_145;N_146;N_147;N_148;N_149;N_150;N_151;N_152;N_153;N_154;N_155;N_156;N_157;N_415;N_416
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99	Normal_42	Normal	4	N_025;N_026;N_031;N_032
100	Normal_43	Normal	6	N_299;N_300;N_301;N_302;N_303;N_304
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